Realmente, não existe problema algum em enviar uma EFD com itens de advertência, deve-se apenas cuidar para que a advertência esteja sob controle, ou seja, que ao enviar vc saiba e tenha pleno domínio do motivo da advertência. Até porque, o fisco tem descoberto EFDs sem advertência, que uma vez cruzada com o SINTEGRA, tem originado auto de infração, por omissão de receita.
Para vc ter idéia só no RS foram autuados pela SEFAZ 26.117 num valor total de 626,7 milhões, e a base de autuação foram a NF-e, EFD, CT-e.